Последовательность действий:
1. Прописываем нужные переменные в prepare_all.sh и запускаем его
2. Заходим в папку, где будет происходить переиндексация, запускаем prewalrus.sh
3. Запускаем mergearchive.sh
Если все прошло успешно, то переиндексированные arc и dir файлы будут находиться в
yandex, с префиксом newbd000

Подробности можно посмотреть на страничке в вики:
http://wiki.yandex-team.ru/JandeksPoisk/KachestvoPoiska/Annotation/SnipML/LocalBaseOperations/reindex

